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1、生信软件系统的选择——Linux（ubuntu）对于生信分析人员来说，日常工作，软件运行，跑流程，均在linux下操作。当然，也有基于云端的生信分析平台，如免费的Galaxy，或者某些 公司的一站式云平台。比较初学者学生物信息还是使用开源软件、学原理、一步一步运行才有意思。
1、GEPIA是一个由中国开发的用户友好型网站，无需注册会员，功能强大，且易于操作。通过使用该数据库进行单基因的泛癌分析、分期分析及生存分析，再加上其他数据库的免疫浸润分析及实验验证（如肿瘤造模验证基因在肿瘤中的高表达），应该能够发表一篇二区左右的文章。
2、在寻找特定生物标记时，多基因表达分析是关键步骤。通过点击“Differential Genes”，用户可以设置Fold change和q值的阈值，筛选出在特定肿瘤数据库中差异表达最明显的基因。通过“Chromosomal Distribution”功能，用户可以进一步筛选高表达、低表达或两者兼有的基因。
3、欢迎来到小云精心打造的GEPIA数据库深度解析！GEPIA，中文名基因表达分析平台，是生物信息学研究的宝贵资源，它的英文名是...，为全球科研人员提供了一站式的在线生信分析工具，帮助探索基因表达、肿瘤预后和共表达等生物现象。
4、cBioportal，一个在cancer discovery期刊上发表的基因组分析工具，因其对TCGA等数据库的深入剖析而备受瞩目，截至本文撰写时，其引用量已超过6238次。这个平台广泛应用于多种类型的基因组研究，包括DNA和RNA分析。cBioportal的强大功能体现在其多元的分析手段上。
5、TAM和巨噬细胞相关基因和标志物的相关性。总结 通过利用Oncomine、Timer、PrognoScan、Kaplan-Meier Plotter、GEPIA等数据库，我们可以在15分钟内复现一篇高分生信SCI文章的关键图表与数据分析，实现从理论到实践的无缝对接。掌握这些工具与方法，即使是生信初学者，也能轻松开展生信研究，为学术成果添砖加瓦。
以下是一些常见的生物信息学应用程序，可以在个人电脑上运行： 基本序列分析软件：包括NCBI BLAST、EMBOSS、CLC Sequence Viewer等。这些软件主要用于序列比对、互补序列搜索和序列编辑等基本分析。 DNA测序数据分析软件：包括FastQC、Trimmomatic、BWA等。
花钱。生信跑数据用学校的服务器要花钱，因为学校的服务器也是要进行花钱来保养的，并且入门的就单核、普通的就双核、体验好的就四核，也可以购买云服务器，一年88元，很划算。
跑一个常规人的，NGS wes的demo 根据个人需求添加软件内容 预期：写一个可以被来者重复且有用的流程出来。
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